โครงการวิจัย

อิทธิพลของไวรัส Tilapia Lake Virus (Tilapia tilapinevirus) ต่อการแสดงออกของยีนระดับทรานสคริปโตมในปลานิล (Oreochromis niloticus)

I์nfluence of Tilapia Lake Virus (Tilapia tilapinevirus) on Transciptome in Nile Tilapia (Oreochromis niloticus)

รายละเอียดโครงการ

ปีงบประมาณ 2563
หน่วยงานเจ้าของโครงการ
ลักษณะโครงการ โครงการใหม่
ประเภทโครงการ โครงการเดี่ยว
ประเภทงานวิจัย โครงการประยุกต์
วันที่เริ่มโครงการวิจัย (พ.ศ.) 1 ตุลาคม 2562
วันที่สิ้นสุดโครงการวิจัย (พ.ศ.) 30 กันยายน 2563
วันที่ได้รับทุนวิจัย (พ.ศ.) 1 ตุลาคม 2562
ประเภททุนวิจัย งบประมาณรายได้
สถานะโครงการ สิ้นสุดโครงการ(ส่งผลผลิตเรียบร้อยแล้ว)
เลขที่สัญญา005
เป็นโครงการวิจัยที่ใช้ในการจบการศึกษา ไม่ใช่
เป็นโครงการวิจัยรับใช้สังคม ไม่ใช่
บทคัดย่อโครงการ บทคัดย่อ งานวิจัยครั้งนี้มุ่งเน้นศึกษาวิธีการตรวจติดตามเชื้อเชื้อไวรัส Tilapia tilapinevirus หรือ TiLV ในตัวอย่างปลานิลแสดงอาการติดเชื้อ TiLV โดยใช้วิธี RT-PCR ตาม Technical Disease Card ขององค์การโรคระบาดสากล (OIE) และศึกษาเปรียบเทียบการแสดงออกของยีนในเนื้อเยื่อตับซึ่งเป็น อวัยวะเป้าหมายสาคัญของเชื้อ TiLV ในระดับทรานสคริปโตมในปลานิล 3 รูปแบบ ได้แก่ ปลานิล ปกติหรือปลานิลไม่ติดเชื้อ TiLV (TiN) ปลานิลติดเชื้อ TiLV ในระยะใกล้ตาย (TiB) และปลานิลระยะ ฟื้นตัวจากการติดเชื้อไวรัส TiLV (TiR) ผลการวิจัยพบว่าวิธีการตรวจวินิจฉัยเชื้อ TiLV ทั้ง 3 วิธีที่เลือก จากที่ระบุตาม Technical Disease Card ขององค์การโรคระบาดสากล (OIE) สามารถตรวจวินิจฉัย TiLV จากตัวอย่างปลานิลที่เลี้ยงในฟาร์มเกษตรกรได้ โดยพบว่าปลานิลที่แสดงอาการการติดเชื้อ TiLV ในพื้นที่ อ.เมือง และ อ.ชะอวด จ.นครศรีธรรมราชมักพบการติดเชื้อแบคทีเรียร่วม ซึ่งส่วนใหญ่ เป็นแบคทีเรียแกรมลบ รูปแท่งสั้น สาหรับผลการศึกษาการแสดงออกของยีนในระดับทรานสคริปโตม พบกลุ่มยีนที่มีระดับการแสดงออกแตกต่างกันในตัวอย่างปลานิลทั้ง 3 รูปแบบ (TiN, TiB และ TiR) รวมถึงสามารถแสดงหน้าที่การทางานและ pathway ที่เกี่ยวข้องได้ ซึ่งผล differential expressed genes (DEGs) ในปลานิลกลุ่ม TiR และ TiN มีจานวน read หรือยีนที่แสดงออกใกล้เคียงกัน ในขณะ ที่ชุด TiB จะมียีนที่แสดงออกแตกต่างจากชุดการทดลองอื่น ซึ่งทั้ง 3 ชุดการทดลองมีกลุ่มยีนที่ เกี่ยวกับ metabolic pathways เป็นกลุ่มที่มีการแสดงออกในปริมาณมากและมีความแตกต่างอย่าง ชัด เ จ น ใ น ข ณ ะ ที่ก า ร ศึก ษ า gene ontology (GO) enrichment analysis แ ล ะ Kyoto encyclopedia of genes and genomes (KEGG) แ บ บ เ ป รีย บ เ ทีย บ ทีล ะ คู่ ไ ด้แ ก่ ( 1) TiB เปรียบเทียบกับ TiN (2) TiR เปรียบเทียบกับ TiN และ (3) TiR เปรียบเทียบกับ TiB พบว่ายีนผลิต โปรตีนที่เกี่ยวข้องกับ apoptosis, peroxisome และ phagosome พบในปริมาณที่ติดตามได้และมี ความแตกต่างทางสถิติในชุด TiB เปรียบเทียบกับ TiN และ TiR เปรียบเทียบกับ TiB แต่จะไม่พบใน ชุด TiR เปรียบเทียบกับ TiN อย่างไรก็ตามยีนผลิตโปรตีนในเซต oxidative phosphorylation พบ เฉพาะในชุด TiR เปรียบเทียบกับ TiN เท่านั้น ในขณะที่ชุดยีนที่เกี่ยวข้องกับ proteasome หรือการ ผลิตเอนไซม์ protease เฉพาะที่ทาหน้าที่ย่อยสลายโปรตีนที่ถูกทาลาย รวมถึงโปรตีนที่ไม่จาเป็นผ่าน กระบวนการ proteolysis พบเฉพาะในชุดเปรียบเทียบ TiB กับ TiN เท่านั้น ข้อมูลจากการวิจัยนี้เป็น องค์ความรู้สาคัญเกี่ยวกับโรคอุบัติใหม่ และสามารถใช้สาหรับการเฝ้าระวัง การจัดการระบบการเลี้ยง หรือการจัดการฟาร์มปลานิล รวมถึงการพัฒนาสารชีวภาพเพื่อลดการสูญเสียจากไวรัส TiLV คาสาคัญ: เชื้อ Tilapia lake virus, เชื้อ Tilapia tilapinevirus (TiLV), การแสดงออกของยีนใน ระดับทรานสคริปโตม, ปลานิล ง Abstract This research work focused on the diagnostic methods for monitoring Tilapia tilapinevirus or Tilapia lake virus ( TiLV) in TiLV disease ( TiLVD) - exhibiting Nile tilapia according to RT- PCR procedures in Technical Disease Card suggested by the World Animal Health Information System (OIE). Transcriptomic analysis was performed in the liver tissue, one of important target organs of TiLV infection, of 3 different treatments of Nile tilapia including normal or healthy ( no TiLV infection) fish ( TiN) , moribund TiLV- infected fish ( TiB) and recovered fish from TiLV infection ( TiR) . The obtained results suggested that all 3 test diagnostic methods from the OIE Technical Disease Card could detect TiLV in farmed Nile tilapia samples. Most of TiLVD-exhibiting Nile tilapia, collected from Mueang and Cha- oud Districts, Nakhon Si Thammarat Province, was TiLV- bacterial concurrent infections while the bacteria mostly isolated were Gram- negative and short rod- shaped. Transcriptomic analysis revealed that diverse genes were expressed among the 3 sets of Nile tilapia ( TiN, TiB and TiR) that could lead to the different functions and involving pathways. Differential expressed genes (DEGs) in TiR and TiN showed similar read numbers and expressed genes whereas the DEGs result in TiB was distinctly detected. All DEGs of these 3 samples revealed that the expression of genes involved in metabolic pathways was high and its expression levels were remarkably differences. Gene ontology ( GO) enrichment analysis and Kyoto encyclopedia of genes and genomes ( KEGG) was analyzed comparatively among 3 pairs of tilapia samples; (1) TiB vs. TiN (2) TiR vs. TiN and (3) TiR vs. TiB. The results showed that genes encoding proteins involving in apoptosis, peroxisome and phagosome were detectable and significantly different in TiB vs. TiN and TiR vs. TiB but absent in TiR vs. TiN. However, genes involved in oxidative phosphorylation were only detected in TiR vs. TiN. A set of genes involved in proteasome, a sophisticated protease complex that function in regulated degradation of unneeded or damaged proteins by proteolysis, was only appeared in TiB vs. TiN. These results are important knowledge regarding a new emerging disease leading to surveillance, cultural and farm management practices and bioactive compound development to reduce losses affected by TiLV. Keywords: Tilapia lake virus, Tilapia tilapinevirus ( TiLV) , Transcriptomic analysis, Nile tilapia
รายละเอียดการนำไปใช้งาน
เอกสาร Final Paper(s)
  • -

ทีมวิจัย

ที่ นักวิจัย หน่วยงาน ตำแหน่งในทีม การมีส่วนร่วม (%)
1ดร. กิตติชนม์ อุเทนะพันธุ์คณะเกษตรศาสตร์ ราชมงคลศรีวิชัย วิทยาเขตนครศรีธรรมราชหัวหน้าโครงการ55
2นิอร จิรพงศธรกุลคณะเกษตรศาสตร์ ราชมงคลศรีวิชัย วิทยาเขตนครศรีธรรมราชผู้ร่วมวิจัย45